Jan Jansen is een veelzijdig musicus: hij studeerde orgel bij Cor Kee, klavecimbel bij Lenie van der Lee en piano bij Gérard van Blerk aan het Utrechts Conservatorium.
Behalve zijn solistendiploma’s behaalde hij in 1970 de Prix d’Excellence voor orgel.
Tijdens de Zomeracademie Orgel te Haarlem (1964, ’65 en ’66) volgde hij lessen bij Siegfried Reda. In Bolsward was hij in 1966 winnaar van de Koraalprijs bij het Nationaal Orgelimprovisatieconcours.

Vanaf 1961 begon hij zijn organistenloopbaan bij de Hervormde Gemeente Ermelo, zijn geboorteplaats. Van 1971 tot 1987 was hij cantor–organist van de Oude Kerk te Soest, van 1987 tot half 2011 organist van de Domkerk te Utrecht waar hij naast de drukke liturgische praktijk de landelijk welbekende wekelijkse Zaterdagmiddagmuziek verzorgde samen met de “Domcantorij”.
Van zijn hand zijn diverse liedmelodieën en werken voor de kerkmuzikale praktijk verschenen.

Van 1973 tot 2005 doceerde hij Algemeen Theoretische Vakken aan het Utrechts Conservatorium waar hij ook correpetitor was bij de afdeling Oude Muziek.

Op het beroemde “Bätzorgel” van de Domkerk maakte hij een groot aantal Grammofoonplaat- en CD opnamen met werken uit de gehele orgelliteratuur. Ook maakte hij opnamen als pianist en klavecinist.

Behalve zijn vele orgelrecitals trad hij als solist op met diverse orkesten, zoals het “Concertgebouwkamerorkest”, “The Academy of St.Martin in the Fields”, het “Rotterdams Philharmonisch Orkest”, zowel als organist en als klavecinist.
Kamermuziek maakte hij met diverse vooraanstaande musici waaronder zijn kinderen David (orgel en klavecimbel), Maarten (cello) en Janine (viool).
Hij is een veelgevraagd continuospeler bij koren en orkesten.