Onze dirigent begon als 7-jarige piano te spelen en kreeg zijn eerste orgellessen in Amsterdam. Aan het Amsterdamse conservatorium studeerde hij directie en orgel bij o.a. Anton van der Horst.
Zijn carrière als organist voerde hem door heel Europa. Bij de Nederlandse Opera heeft Thijs Kramer als repetitor en dirigent gewerkt. Hij ontdekte de zoekgeraakte originele versie van Mendelssohn's Elias in Engeland. Ook mag zich eigenaar noemen van de koorpartijen die zijn geschreven voor en gebruikt door Mendelssohn bij de eerste uitvoering van Bach's Mattheus Passion na zijn dood in 1829.
In 2000 werd hij doctor in de letteren aan de Universiteit Utrecht. Hij promoveerde op een proefschrift getiteld: ‘Zahlenfiguren in der Musik Johann Sebastian Bachs’.
Vanwege zijn verdiensten voor de muziek werd hij in 2004 benoemd tot Ridder in de Orde van Oranje-Nassau.
Ontving zijn muzikale opleiding aan de Verenigde Muzieklycea te Hilversum en het Sweelinck Conservatorium te Amsterdam. Daarna volgde hij enige malen de Meestercursus voor Interpretatie en Improvisatie van de beroemde Franse organist Jean Guillou.
In 1987 werd Wybe Kooijmans benoemd als een van de vaste organisten van de Grote Kerk te Naarden.
Wybe Kooijmans concerteert regelmatig in binnen- en buitenland. Als begeleider wordt hij zeer geregeld gevraagd door vele koren en solisten.